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Le alghe simbionti vivono sopratutto con protozoi, spugne, celenterati:

Discosoma sp.

Le differenti colorazioni di questi
Discosoma sp.sono dovute alle zooxantelle
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la distribuzione con i tre pyila più bassi di invertebrati suggerisce che l'evoluzione di queste associazioni sia stata favorita da un basso livello di differenziamento e coordinazione degli ospiti pluricellulari in cui era più facile stabilirsi senza disturbarne l'organizzazione.
E' molto probabile che tali associazioni siano mutuamente benefiche, poichè ogni associazione tra un produttore primario autotrofo e un eterotrofo offre una scorciatoia nel ciclo alimentare.
Le alghe oltre che ad essere protette, possono ottenere sostanze nutritizie (fosfati, nitrati, anidride carbonica) dall'animale, mentre quest'ultimo può ottenere ossigeno e prodotti metabolici dalla fotosintesi dell'alga: pare accertato anche che le alghe simbionti possano influenzare notevolmente la deposizione di Calcio e altre attività fisiologiche dei coralli mentre l'uso dei prodotti di rifiuto dell'animale (CO², ammoniaca e altri cataboliti) siano essenziali alle zooxantelle.
Per molto tempo si è pensato che, in assenza di cibo animale, i polipi dei coralli potessero digerire direttamente le alghe usandole come fonte di cibo, ma i ricercatori Yonge e Nicholls hanno dimostrato che, almeno nelle loro condizioni sperimentali,

Sarchophyton sp.

Anche questi Sarcophyton devono le
loro colorazioni alle zooxantelle
(clicca su un'immagine per ingrandirla)

i coralli non sono in grado di digerire le zooxantelle poichè non dispongono degli enzimi digestivi necessari a metabolizzare i carboidrati.
I coralli coloniali sono quindi carnivori specializzati che probabilmente debbono la loro eccezionale capacità proliferativa ad un'aumentata efficienza metabolica resa possibile proprio dalla capacità che le zooxantelle hanno di assimilare molti prodotti di scarto del metabolismo dell'ospite.
Comunque, molti altri fattori hanno un ruolo determinante nella velocità di calcificazione dei coralli contribuendo in maniera notevole al processo basale di mineralizzazione, ad esempio la fissazione fotosintetica dell'anidride carbonica da parte delle alghe con conseguente allontanamento dal corallo dell'acido carbonico influisce notevolmente sulla velocità di calcificazione così come l'assimilazione di fosfati impedisce che questi, tramite reazione chimica, trasformino l'Aragonite del corallo in calcite e conseguentemente sulla crescita del corallo stesso, l'assimilazione da parte dell'animale di aminoacidi, sostanze contenenti vitamine, composti proteici semplici, ecc..

La colorazione del corallo (immagine a sinistra) è dovuta a microscopiche alghe chiamate Zooxantelle, delle quali vediamo al centro un'immagine ingrandita al microscopio.
Talvolta i coralli possono occasionalmente liberarsi delle Zooxantelle lasciando così scoperto il loro tessuto trasparente, attraverso il quale è possibile distinguere chiaramente il bianco scheletro (immagine a destra).
Foto del Prof. Ove Guldberg, Centre of Marine Studies, University of Queensland.